工程项目备案是由国家发展和改革委员会（NDRC）负责管理的。NDRC是中国政府的国家行政机关，负责宏观经济调控、产业政策制定和国家重大工程项目审批等工作。

下面是工程项目备案的操作流程和方法：

1. 准备备案材料：在启动一个工程项目之前，项目部门需要准备一系列的备案材料。这些材料包括项目建议书、可行性研究报告、工程概算、施工方案、安全质量计划等。

2. 提交备案申请：项目部门将准备好的备案材料提交给当地的行政主管部门，通常是市县级的发展和改革委员会或者是规划部门。

3. 审核备案材料：行政主管部门会对提交的备案材料进行审核，包括对项目的可行性、工程概算的合理性、施工方案的科学性等方面进行评估。

4. 备案审批：经过审核后，行政主管部门会根据相关法规和政策对备案材料进行审批。如果备案材料符合相关规定，则会发放备案证明。

5. 公示和异议处理：一般情况下，备案材料通过审批后，需要进行公示。公示的目的是向社会公众公示工程项目的基本情况，以便有异议的公众提出意见或投诉。如果有异议提出，行政主管部门会依法处理并做出处理意见。

6. 领取备案证明：当备案材料通过审批并完成公示后，项目部门可以到行政主管部门领取备案证明。备案证明是项目开工和施工的法定凭证，也是项目管理和监督的依据。

需要注意的是，不同地区对工程项目备案的具体操作流程和要求可能会有所不同，上述流程仅作一般性的介绍。所以，在具体操作中，应该根据当地相关政策和法规的要求来进行。